內蒙古軍區司令部遺址，位于內蒙古興安盟烏蘭浩特市興安北路西側、科右前旗人民醫院門診樓東側，現為中國銀行興安盟分行辦公樓。
根據《東蒙古人民自治法》規定，東蒙古人民自治政府決定于1946年2月15日組建東蒙古人民自治軍，由東蒙古自治政府內防部部長阿思根統一指揮內蒙古東部地區蒙古民族武裝。承德“四三”會議后，根據會議精神，將內蒙古地區蒙古民族武裝部隊統一改編為內蒙古人民自衛軍，-任司令員，阿思根任副司令員。1946年6月3日，成立內蒙古人民自衛軍興安省軍區，阿思根兼任司令員，朝克巴特爾任副司令員，哈豐阿任政治委員，張策任副政治委員。
1947年11月26日，內蒙古人民自衛軍司令部、政治部成立，-任內蒙古人民自衛軍司令員兼政治委員，阿思根、王再天任副司令員，1948年1月1日，內蒙古人民自衛軍改稱內蒙古人民解放軍，同時組建內蒙古軍區，-任司令員兼政治委員，阿思根(1948年1月31日病逝后，由那欽雙合爾繼任)、王再天任副司令員。內蒙古軍區下轄騎兵第一師、二師、三師、四師、十一師、十六師，卓索圖盟縱隊，獨立三團、五團，警衛團等部，兵力約2萬余人。1949年5月13日，內蒙古人民解放軍正式編入中國人民廨放軍序列，同時組建中國人民解放軍內蒙古軍區，受東北軍區領導，-任司令員兼政治委員，王再天、那欽雙合爾任副司令員。
內蒙古軍區司令部遺址曾經先后為內蒙古人民自衛軍興安省軍區駐地，內蒙古人民自衛軍司令部、政治部駐地，內蒙古人民解放軍內蒙古軍區駐地，中國人民解放軍內蒙古軍區駐地。
1949年12月，內蒙古軍區司令部遷出，遺址改作它用。二十世紀八十年代初，內蒙古軍區司令部遺址因城市建設被拆除。