大清光緒三十二年，日本明治39年，1906年09月1日關東都督府于旅順成立，舊址位于旅順口區友好路59號。前關東總督大島義昌(日本語:おおしまよしまさ)任關東都督府都督，其職責為"掌握管轄關東州，保護管理南滿鐵路的有關事務"。關東都督處理外交事務時，受外務大臣的監督;處理軍政事務時，受陸軍大臣的監督;處理有關作戰事宜和軍隊教育問題時，分別受參謀總長和教育總監的監督。因此，關東都督府成立后，集軍政大權于一身的關東都督同外務省等各有關部門之間，因爭奪權勢而經常發生矛盾。
關東都督府成立以后，根據《關東都督府法》建立了隸屬于關東都督府的關東州高等法院和地方法院。關東都督府下設陸軍和民政兩部，陸軍部統率派駐在東北各地的日本軍隊，民政部掌管關東都督府轄區內除軍事事務以外的一切行政事務。民政部統轄大連、金州、旅順3個民政署，以民政署長為行政區的地方行政長官。因金州行政區較大，金州民政署又細分為普蘭店、貔子窩2個民政支署。1908年10月，金州民政署降為民政支署，隸屬大連民政署。普蘭店、貔子窩民政支署降為出張所，隸屬金州民政支署。