東寧要塞博物館位于黑龍江省東寧縣三岔口鎮南山村北2公里的勛山上。1999年5月成立籌備處，在勛山地下要塞一個300平方米的倉庫內建立了“東寧要塞陳列館”。于1999年6月18日正式向社會開放。2008年東寧縣人民政府投資2000萬元，在東寧勛山要塞山下修建新的要塞歷史陳列館，正式命名東寧要塞博物館。博物館占地15 000多平方米，由10 000多平方米的大理石廣場，4 000平方米的綠地和1 100平方米館舍組成。館內展出了500多件侵華日軍侵略中國的證物，其中有侵華日軍用過武器彈藥、生活用品、中國勞工的勞動工具和蘇聯紅軍用過的武器備，及六個部分的400多幅珍貴的歷史照片組成了東寧要塞系列圖片展。再勛山要塞入口處，樹立中央軍委副主席-為東寧要塞題詞“勿忘國恥、強我中華”紀念碑。在廣場的中心樹立的是“蘇聯紅軍烈士紀念碑”和原國家副主席-題詞“第二次世界大戰最后戰場”紀念碑，在廣場左側是“勞工殉難紀念碑”，右側是“抗聯英雄紀念碑”可供上萬人在此集匯活動。1998年6月10日，東寧縣政府批準公布東寧要塞為縣級文物保護單位。1999年1月10日，黑龍江省政府批準公布東寧要塞為省級文物保護單位，同年公布為省級愛國主義教育基地和國防教育基地。2004年國家旅游局批準為AA級景區。2005年批準為全國愛國主義教育示范基地。
2006年5月，東寧要塞遺址博物館被確認為全國重點文物保護單位。