衢州書院位于衢州市柯城區府山街道，年代為清。
衢州書院始創于清康熙四十七年（1708年），由當時衢城名士、雍正元年舉人吳士紀所建，初名修文，后經多次毀廢重修。現存書院位于衢州市區小西門，為清代建筑。書院坐北朝南，占地面積約850平方米，平面呈縱長方形，從南至北依次為大門、前廳、后廳和樓房。前后廳之間有天井，兩側有廂房和走廊，后廳與樓房之間亦有天井。
前后兩廳為教學空間，通面寬均為24米，通進深均約8米。前廳面闊十三間，采用七檁硬山前后廊的形式。后廳面闊九間，為硬山檁八前后廊的形式。梁架之間多懸柱，為古代室內減柱的做法，其目的是騰出空間，便于實際使用。后樓為跑馬樓的形式，為先生起居之所，也供遠道而來的學生寄宿。
衢州書院建筑位于市區繁華路段，具有較高的文化價值。其建筑中垂花懸柱的減柱做法較為獨特，構建之上雕工精致，具有較高的藝術價值。2002年市文物部門對書院建筑進行了全面修繕。
2017年1月13日，浙江省人民政府公布為第七批浙江省文物保護單位。