玉皇閣始建于明萬歷年間（公元1573-1620年），永歷丁亥年（公元1647年）因張獻忠起義軍屬部攻破建水城池而被焚毀。永歷甲午年（公元1654年）重建。清雍正八年（公元1730年）重修正殿。現存建筑為三進院建筑。崇文塔，始建于元，明代重修。清嘉靖四年（公元1799年）因暴雨傾圮被毀，清道光六年（公元1826年）重修，也稱“白馬寺”塔。玉皇閣及崇文塔是記錄和反映建水宗教歷史發展進程中佛、道兩教相互融合，塔院相處的重要史證，是建水眾多以“文”貫之命名的歷史悠久的重要建筑之一。
2019年10月7日，建水玉皇閣及崇文塔入選第八批全國重點文物保護單位名單。