1878年，光緒四年，左宗棠至苦至難收復整個新疆。為加強和鞏固新疆境內的防務，左宗棠在南疆地區布置了一條漫長的軍事防線。這條軍事防線蜿蜒盤旋，起自吐魯番，經庫爾勒、阿克蘇、喀什，最終抵達新疆最南端的和闐，全長5000多里。這條漫長的軍事防線上，左宗棠大軍共設站臺67座，每處分兵駐守。
左宗棠對南疆防務極為重視，命令大將董福祥駐節喀什噶爾，總統南疆西四城馬步各軍。南疆西四城，是指喀什噶爾、英吉沙而、葉爾羌、和闐。不久，董福祥派遣一支上百人的騎兵，駐進喀喇昆侖懷抱，夯土壘石，創設至為重要的——賽圖拉哨卡。這個名叫賽圖拉的哨卡，正是左宗棠5000多里軍事防線的最末一個哨卡。
2019年10月7日，賽圖拉哨卡遺址入選第八批全國重點文物保護單位名單。