霍拉山佛寺遺址位于焉耆回族自治縣七個星鄉霍拉山村東南的山梁和山前坡地上，是佛教文化東傳的一個重要樞紐，也是焉耆國的佛教中心。晉唐時期為發展的繁榮時期，表現出印度佛教東傳以及中原佛教西漸的發展過程。洞窟的形制大致與克孜爾一期洞窟相似。壁畫比較精美，佛像造型豐滿和祥，具有犍陀羅和中原的風格。此外，該遺址中，還出土了吐火羅文書寫的紙質文書《彌勒會見記》等一批罕見文物。對于研究古代焉耆史乃至西域社會發展史、佛教史、戲劇史等具有著重要的價值。
佛寺遺址，由地面寺院建筑和洞窟建筑兩部分組成。地面寺院遺址分布于山梁和坡地上，依山勢布局修建。一條自然泉溝將建筑群分為南北兩大區，即今所命名的南大寺和北大寺，寺院殘存大小建筑九十三處。總面積約四萬多平方米。各建筑坐西朝東，主要建筑有殿堂、僧房、佛塔等。僧房大致呈方形或長方形，面積約四至六平方米。大殿邊長達二十四米。佛塔為圓或方形或八角形基座，圓柱塔身，穹窿頂，有的有正方形的圍墻或內部空心。
佛寺遺址中十一處洞窟位于寺院西北部約一公里的霍拉山底矮的山腰處，依山開鑿，大部分坐東朝西，門朝西開。洞窟形制分為兩種，一種為縱券頂平室窟，另一種為前后室的支提窟。其中，前后室的支提窟、前室的縱券頂，左右開甬道，后室呈橫券頂隧道狀。所形成的中心柱為長方形，洞窟內佛像無存，只殘存佛像基座。二、三、五、七號窟內有少量的樂伎、朵云紋、飛天等壁畫遺存。曾出土泥塑佛、菩薩、天王，供養人等頭像。
佛寺遺址是目前新疆地區僅存的一處佛塔、佛殿和石窟并存的佛教建筑群遺址。一九九一年至一九九六年，巴州文管所，焉耆縣文管所三次對佛寺遺址進行了保護圍墻的修建。
2019年，霍拉山佛寺遺址列入第八批全國重點文物保護單位。