哈密木卡姆傳承中心建筑面積4875平方米，占地面積1600平方米，主體四層。
一層主要有木卡姆傳承使用的演藝大廳、教室、宿舍、資料室、外部廣場和舞臺控制室、庫房等；
二層大廳，900多平米，主要沿四周墻壁展示維吾爾十二木卡姆的產生、發展、演變的沿革，以圖片、壁畫、文字、雕塑等藝術展現形式，全面反映“人類文化遺產的瑰寶——維吾爾木卡姆”的文化形式、特色和內容。大廳空間主要作為冬季中小型展演場地。
三層東部是可容納60人觀看專門演出的展演廳，在這里不僅可以為木卡姆傳承人提供排演、演練場地，也是觀光者欣賞木卡姆藝術的小型場地。西半部是專門展現哈密木卡姆的產生、傳承、發展過程及歷史、文化、藝術等方面價值的哈密木卡姆展廳。
四層主要用來展示哈密地區現已申報的各級非物質文化遺產的展覽場地。