崇圣寺南、北小塔，在大塔西南、西北兩面，均距大塔70米，與大塔成等腰三角形，始建于大理國時期。
兩塔各高42.20米，為10級八角形密檐式空心磚塔，下有二層臺基，下層長20米、寬20米、高0.9米；上層八角形，每邊長5.65米，高1.45米。塔身每邊長3.97米，壁厚4.4米，中空80厘米。從塔底直通第七層，內架十字形木架。木架正中有直徑2.5厘米的方孔，孔中放木軸一根，為建塔時立的中心柱。塔身用磚疊砌出塔檐10層，在各層塔檐之上又用磚砌出模擬木結構建筑的斗拱、平座。各層平座、塔身外面砌出各種佛教崇拜物，第一、三、五、七、九層的平座外飾蓮瓣紋，塔身各面正中分別交錯飾凸起的寶瓶、彩云托塔。其左、右飾亭閣式、樓閣式注塔，八面轉角外飾倚柱。
塔斯社剎自下而上依次為覆釜、寶瓶、火焰珠。傘蓋、葫蘆狀火焰珠。傘蓋原以八股鎏金銅條，邊接頂層塔檐，上掛銅鈴。
南塔塔身佛龕內現存紅砂石雕佛像10軀，北塔則僅存5軀。