位于中山北路口，為過江輪渡碼頭。民國18年，為迎接孫中山靈柩由北平運到南京安葬，國民政府在今下關中山北路口建成中山碼頭。是年5月28日，孫中山靈柩經浦口碼頭由威勝號軍艦渡江至中山碼頭，經中山大道葬于中山陵。此后，中山碼頭僅供停靠官差船只。為了保留這座有紀念意義的碼頭，南京市政府將下關至浦口的輪渡從澄--頭遷至中山碼頭。民國22年12月，中山碼頭擴建，民國24年春竣工，民國25年3月正式開業經營輪渡，命名為首都輪渡碼頭，不久因與鐵路輪渡(首都鐵路輪渡)名稱易混淆而仍稱為中山碼頭。南京淪陷期間，中山碼頭被侵華日軍侵占用作海軍碼頭，稱安宅棧橋，輪渡碼頭遷至下關--口。抗戰勝利后，中山碼頭恢復原來的名稱和輪渡業務。
解放后，中山碼頭是下關至浦口僅有的輪渡航線，每日開航62～70班次，日渡運乘客3萬人次以上，還有中山碼頭至六合九里埂航線和中山碼頭至燕子磯等航線。南京長江大橋通車后，航次改為1小時一班，日渡運量1萬余人次。1978年后，隨著南京經濟發展和浦口開發，日客運量增至4萬余人次。除中山碼頭至浦口航線外，還開辟了中山碼頭至采石磯等不定期水上游覽航線。
1990年，已使用50余年的中山碼頭候船室進行擴建，是年12月29日完工，建成“山”字造型3層樓候船室一座，建筑面積3040平方米，對其他輪渡設施也分別改造和新建。1992年5月9日，新候船室正式啟用。現侯船室陳列有中山先生奉安大典實況圖片資料及中山碼頭建設圖片資料。