萬福寺遺址，今位于江蘇省南京市玄武區衛崗街道鐘山風景名勝區小茅峰，中山陵寶頂東北側，藏經樓西北側，中馬腰東南側，永慕廬西側。
該寺原有山門、三茅殿、觀音殿及吳帝殿，寺院旁邊還設有名僧塔林。
1929年，在孫中山先生奉安大典后，奉安委員會曾將萬福寺進行修善，辟為孫中山紀念館，陳列奉安大典時的各種紀念品。
抗戰期間，萬福寺被毀，名僧舍利塔構件亦散落林間。
1993年7月，中山陵園管理處將散落的舍利塔構件收集、整修、復原，重新豎好四座舍利塔與萬福寺遺址旁。
2012年3月20日，“萬福寺遺址（名僧塔林）”被南京市人民政府公布為第四批南京市文物保護單位。