巨野教案遺址位于山東省菏澤市巨野縣麒麟鎮磨盤張莊村內。教堂及附屬物系巨野教案后德國人用清政府賠款重建，1966年全部拆除，僅存水井1眼。據群眾回憶實測，教堂占地1807平方米，建筑面積558平方米，有禮拜堂、客廳、臥室、更衣室、傳達室、儲藏室、伙房、馬棚等。
當時在磨盤張莊的德國傳教士薛田資，橫行鄉里，借端訛詐，霸占田產，包攬詞訟，0-、騙賣婦女，激怒了當地群眾。光緒二十三年(1897年)十一月一日夜，二三十人手持鋼刀和紅纓槍，闖進教堂，要殺薛田資。適在陽谷、鄆城一帶傳教的德人能方濟、韓·理加略到此，薛將客廳、臥室讓出，自己住進門房，造成誤殺。
德帝國主義者以這一事件為借口，威逼清政府于光緒二十四年簽訂《中德膠澳租界條約》,德帝國占領膠州灣，山東淪為德國勢力范圍。列強援例效尤，掀起了瓜分中國的狂潮。