三里堌堆，原名渣頭堌。據《夏邑縣志》（明嘉靖二十四年本）記載：“渣頭堌在縣西南五華里”，為夏邑十八堌之一。因地處三里莊村后，故群眾稱之為“三里堌堆”，堌南北長170米，東西寬約120米，高出地面約4米，原頂部遍生荊棘，現已全開荒成為耕地，整個堌堆上各個時代的磚瓦碎陶片比比皆是，土質為黑色粘土。
在文物調查中，對該遺址進行了鉆探，探出其南北長170米，東西寬約120米。北京大學、鄭州大學和河南省文物考古研究所聯合對該遺址進行了調查。1989年秋，河南省文物考古研究所對該遺址進行了考古發掘。2001年被公布為“商丘市第一批重點文物保護單位”。
2006年8月，三里堌堆遺址被河南省政府確定為省第四批文物保護單位。