南山保護區位于始興縣城西南面，2005年被省政府批準為省級自然保護區，2009年批準納入中國生物圈保護區網絡，總面積7113公頃。區內共有維管束植物219科，626屬，1106種，其中蕨類植物有32科，63屬，122種；裸子植物有12科，12屬，15種；被子植物有67科，551屬，969種，列入國家重點保護的有福建柏、閩楠、半楓荷、金毛狗、櫸樹、花櫚木、華南椎、篦子三尖杉、粗齒桫欏等13種。脊椎動物有215種，隸屬33目，83科，168屬。其中列入國家重點保護的有海南虎斑鳽、黃腹角雉、穿山甲、水鹿、蘇門羚、白鷴、虎紋蛙、褐翅鴉鵑等21種。