明清的漕運總督部院位于淮安府城中心，與南面的北宋鎮淮樓、迎熏門(南門)，和北面的淮安府署在同一條中軸線上。規模宏偉，占地約2萬平方米，有房213間，牌坊3座，中曰"重臣經理"，東西分別曰:"總共上國"、"--中原"。依中軸線設大門、二門、大堂、二堂、大觀樓、淮河節樓、后院等;東側有官廳、書吏辦公處、東林書屋、正值堂、水土祠、一覽亭等;西側有官廳、百錄堂、師竹齋、來鶴軒等;在大門外東西兩側各有一座牌坊，大門對面有照壁，大門前還有元代從波斯國運來的白礬石獅子一對。大堂坐北朝南，東西長28.8米、南北寬22.8米，五開間五進，青磚地坪，有大柱34根。漕運總督衙門大堂遺址，現存有33個柱礎1860年，漕運總督署遷往15千米外的清江浦，這里的建筑逐漸廢棄。