秦堂山遺址位于江蘇常州溧陽市上興鎮，2011年被江蘇省人民政府公布為“江蘇省文物保護單位”。2013年，南博對該遺址進行了第一次考古勘探和試掘，發現遺址總面積約18萬平方米，涵蓋馬家浜文化、崧澤文化、馬橋文化和唐宋、明清等不同時期文化遺存，其中馬家浜時期文化遺存最為豐富，約4.5萬平方米。
2014年12月至2015年11月，南京博物院、溧陽市文物管理委員會再次對該遺址進行發掘。發掘工作分Ⅰ區和Ⅱ區同時進行，發掘面積300平方米。遺址西側的秦堂山區域為Ⅰ區，清理出馬家浜文化墓葬27座，分布密集，部分疊壓，均為單人葬，仰身、側身、俯身同見，人骨保存較差，隨葬品不豐富，出土器類有玉玨、璜、石錛、鉞、陶鼎、紡輪、網墜等。遺址東側的毛家山區域是Ⅱ區，清理出馬家浜、廣富林、馬橋文化時期灰坑60多座，馬家浜文化房址和大面積燒土堆積各1處。鉆探發現，在毛家山北側存在一條東西走向的大型溝狀遺跡，時代、性質等信息尚不明確。
秦堂山遺址位于太湖西部山地地形向東部平原地形過渡的丘陵地帶，其馬家浜文化遺存和溧陽神墩遺址高度相似，又具有向崧澤文化過渡的明顯特點。發現的廣富林文化、馬橋文化遺存，為認知該區域新石器時代末期到夏商時期文化面貌提供了新的材料。
2011年12月19日，江蘇省人民政府將其公布為第七批省級文物保護單位。