高樂山自然保護區位于桐柏縣東北部，地理坐標為北緯32°25′55″至32°42′40″，東徑113°32′33″至113°48′12。東鄰信陽平橋區，北接駐馬店市確山縣，西與駐馬店市泌陽縣接壤，南與湖北省隨州市隔河相望。地跨毛集、黃崗、回龍三個鄉鎮，呈掌狀分布，總面積10612公頃。核心區面積3663.5公頃，緩沖區面積3093.5公頃，實驗區面積3855公頃。
高樂山自然保護區地理區位特殊，森林植被覆蓋率高，生物多樣性豐富，具有明顯的生態、社會、經濟價值。保護區的綜合價值主要體現在以下幾個方面：
1．區位重要性
淮河，因其流域面積廣，兩岸居住人口密集，流域內風調雨順或旱澇災害對中華民族的政治經濟生活影響甚大，因而被華夏兒女尊為“風水河”。高樂山保護區的是千里淮河的源頭地，高樂山是淮河一級支流五里河、毛集河的發源地，保護區也是淮河源頭重要的貯水庫，是南灣水庫、薄山水庫、紅石嘴水庫、尖山水庫、趙莊、流石板、連莊等眾多中小型水庫的匯水區。南陽、信陽、駐馬店南部及淮河中下游地區數千萬人口的飲用水和工農業用水均來自該區。由于區內降水豐富且集中在7、8月份，容易形成大洪水，如果保護區森林生態系統遭到破壞，大量的洪水裹著泥沙奔涌而下，流入淮河及水庫，將增加淮河的泥沙含量和洪水量，縮短淮河上水利工程的使用壽命，增大防洪難度，增加淮河治理的難度。因此，高樂山自然保護區大面積的森林植被對于淮河流域的生態安全，水土保持以及經濟建設等都具有非常重要的意義，是高樂山頭的生態屏障。
2．南北過渡典型性
保護區地處淮河上游，屬桐柏山脈，南北氣候差別大。動物區劃是中國古北界與東洋界的分界線，由于山地不高（最高海拔1140米），形成南北共有種成分較多的過渡區域。保護區處于北亞熱帶和暖溫帶過渡地帶，植物區系以溫帶成分為主，華北、華中與華東成分各占三分之一，植被類型屬北亞熱帶常綠林向暖溫帶落葉林的過渡型。總之，無論是植被和物種，在這里與大的地理環境和具體的生態環境相協調、相適應，反映出明顯的規律性和典型性。
3．生物多樣性
3.1珍稀瀕危保護植物
根據1984年國務院環境保護委員會公布的第一批《珍稀、瀕危保護植物名錄》，1985年國家環保局和中國科學院植物研究所出版的《中國珍稀瀕危保護植物名錄》第一冊，河南高樂山自然保護區共有國家級珍稀、瀕危保護植物17科，17屬，18種，約占河南省國家級珍稀、瀕危保護植物的37.8％。
根據1999年8月4日國務院公布的《國家重點保護野生植物名錄（第一批）》，本區有國家重點保護植物15種，其中國家一級保護植物2種，國家二級保護植物13種，占河南國家重點保護植物的54%。
根據河南省人民政府豫政〔2005〕1號文件頒布的河南省重點保護植物名錄，河南省級重點保護植物98種，其中種子植物93種，本保護區分布有32種，隸屬21科、27屬，占全省省級重點保護植物的32.7％。
根據林業部護字(1992)52號文件附件-國家珍貴樹種名錄統計的全國一、二級珍貴樹種，河南省有國家珍貴樹種19種，本區有國家珍貴樹種8種，占河南珍貴樹種的42%。其中一級1種，二級7種。
3.2珍稀瀕危保護動物
高樂山自然保護區已查明的昆蟲共有12目136科1036種。現有各種魚類共7目、13科70 種。有兩棲類動物共2目6科12種，占全省兩棲類的38.7%。有爬行動物2目7科34種，龜鱉目2科2種，有鱗目5科32種。保護區鳥類資源相當豐富，分布有17目58科、316種鳥類，? ?別占全省鳥類的87. 8% 保護區有哺乳動物6目18科39屬53種及亞種。區系組成中，屬古北界的有20種，占本區全部獸類的39.62%；屬東洋界的有24種，占45.3 %，廣布種9種，占16.98%。其區系組成具有明顯的南北過渡帶特征。
屬于國家重點保護的鳥類目前已知的有44種，占全部鳥類的13.92%。中、日政府間協定保護鳥類118種，中、澳政府間協定保護鳥類28種，中、日、澳政府間協定共同保護的候鳥類128種，占鳥類總數的40%。
在中國植被區劃上，高樂山保護區屬于亞熱帶常綠落葉闊葉林區域的桐柏、大別山地、丘陵松櫟林植被片，具有南暖溫帶向北亞熱帶過渡的性質。保護區植被共有為5個植被型組，13個植被型， 48個群系以及大量的群叢。海拔相對高差1000m，植被具有明顯的垂直梯度格局，植被類型的多樣性豐富。
4．獨特性和稀有性
保護區內，分布中國特有植物24屬28種。國家Ⅰ級保護植物3種，Ⅱ級保護植物10種；待公布的Ⅱ級保護植物43種；被《中國植物紅皮書（第一冊）》收錄17種；被《瀕危野生動植物種國際貿易公約》附錄Ⅱ收錄43種；國家Ⅰ級保護動物4種，國家Ⅱ級保護動物27種；被瀕危動植物種國際貿易公約附錄Ⅰ、附錄Ⅱ和附錄Ⅲ收入的物種共有39種，國家保護的有益的或者有重要經濟、科學研究價值的陸生野生動物共有175種。
5.生態系統脆弱性
保護區地形的復雜性、氣候植被的過渡性造就了其生態系統的敏感性和脆弱性。保護區處于我國內陸山區，周邊人口多，環境壓力大，經濟比較落后，社區經濟發展對森林依賴性強，保護區的生態環境受人為活動威脅大。同時，由于保降水豐富，徑流量大，土層較薄，保護區植被一旦破壞，極易造成不可逆轉的水土流失和生態系統的逆行演替，帶來毀滅性的災難。
6．保護區面積的適宜性
高樂山自然保護區10612hm2，并連接成片，形成較大范圍的自然整體，而不是幾個孤立的“綠色島嶼”。因此有利于自然生態系統和物種的保護及管理，集中連片還能夠滿足生物物種生息繁衍的需要，有效維持生態系統的結構和功能。
7.學術研究性
保護區是研究北亞熱帶到暖溫帶生態交錯帶上，亞熱帶森林生態系統發生、發展及演替的活教材，匯集了多種區系地理成分，加上生態系統的多樣性，豐富的珍稀瀕危動植物資源，使得高樂山自然保護區成為良好的科研、教學基地，這里的研究工作具有很高的科研和學術價值。
總之，保護區的建設和發展對于高樂山的生態安全，保存和發展保護區內珍稀動植物種群及森林生態系統，充分發揮其保持水土，涵養水源作用，對保證淮河中、下游數億人口的生活用水和工業農業用水具有重大戰略意義，其水質水量更關系到我國南水北調東線工程的水質安全。