無際禪師亭為石砌仿木建筑的無梁方殿，長7.8米，寬6.8米，高10米有余。坐北朝南，外觀如"介"字形。亭蓋系單檐四角攢尖式，飛檐挑角，脊上飾有人物異獸，亭頂雕待放蓮苞，皆別具匠心。亭內：立五級八方石塔一座，上刻云紋、花草，無際禪師即葬于其中。亭頂為穹窿狀，中心雕團花圖案，內檐四周施云紋斗拱十六朵，除四朵轉角鋪作外，每面各置三朵，眼壁刻縷空云卷花，每朵上刻一菩薩，象征無際禪師的十二弟子（現存十一尊），菩薩身披袈裟，神態各異，皆面向石塔，從而突出主體。為顯赫珍重，整個無際禪師亭又為三疊木結構的斗拱大寺殿所覆蓋。大殿雄偉軒昂，形成塔于亭中，亭于殿中的布局。寺殿左方約2米處，還各有明碑一塊，記木門寺興沿及無際禪師事略。寺后有大雄殿，依山而建，氣勢巍峨。