在距今4000年以前，楚雄境內先民多已進入新石器時代。現-古發掘證明新石器文化遺址在楚雄州各縣均有發現，并以元謀、永仁、祿豐等縣最為集中，其中最具代表性的是元謀大墩子和永仁菜園子。
元謀大墩子新石器文化遺址位于元謀盆地蓮花村東南河岸高地。1972一1973年，考古工作者先后在此進行了兩次較大規模的發掘，收獲甚豐。發掘面約500平方米左右，所發掘的遺址分布在一條已經干涸的河床旁邊的高地上。根據地層堆積與出土文物分析，大墩子新石器文化可分為早晚兩期。其文化層共兩段，第3一6層為晚期居住遺存，第7一9層為早期居住遺存。早、晚兩期出土物差異不明顯，屬同一文化相互聯接的兩個發展階段。根據中國科學院考古工作者進行碳十四測定，時間為距今3210
± 90年，相當于商代的晚期。
永仁菜園子新石器文化遺址位于永仁縣城西南，共有3個文化層，出士物有炭屑、果仁、骨器、石器、陶器、陶紡輪等。距地表1·2米處有半地穴式圓形住房，并有用火痕跡。據測定，距今為3400±500年，稍早于大墩子文化遺址。