方塔天妃宮是現今上海地區唯一幸存的媽祖廟遺跡，1978年，因市政建設影響，從上海市河南路橋橋堍遷建于方塔園。它坐落于方塔園中心廣場的東北隅，大殿俊秀，飛檐翼角，基座坦蕩，氣勢恢宏。面積為330平方米，高17米，磚木結構，雕刻精致華麗，體現了晚清建筑的特色，殿內懸有當今書法家吳健賢、陳佩秋、周慧珺等書寫的匾額、楹聯。
1993年10月，方塔天妃宮被公布為松江縣文物保護單位。原為方塔園茶室。2001年，方塔天妃宮進行了大修。2002年，方塔天妃宮浦江媽祖文化內涵及其設施得以恢復，并于同年9月28日舉行了“浦江媽祖開光典禮”和“上海方塔天妃宮開放儀式”。