時代：新石器時代至商周
南山遺址位于三明明溪，在1988年對遺址內3號洞進行第一次試掘時，就發現洞內有厚厚的一層用紅燒土鋪墊的人類居住層。2005年第二次試掘時，在4號洞內發現了人類居住的遺跡，同時發掘出一件舊石器時代的用水晶石制成的刮削器。令人驚喜的是，在這個洞穴里，還存有大量磨光黑陶碎片，數量之多在福建考古歷史上還是第一次，這些碎片從工藝上來說已經屬于距今4500～5000年前的新石器時代。同時，在4平方米的探方中，發現了300粒的炭化稻谷和少量果核，這在福建內陸地區尚屬首次，為研究稻作起源和傳播提供了珍貴的材料。