陳列面積300平方米,館舍為2層樓房。1988年5月起，開始籌備建館和布置陳列，同年9月正式開館，同時推出該館的第一個展覽《昌平縣十年改革成就展覽》。展覽以大量實物、圖片和統計數字等，展示昌平人民自中共十一屆三中全會以來在各條戰線取得的改革成果。1989年舉辦《昌平縣出土文物展》，展示昌平歷年出土文物中的140余件，以昌平出土文物為主線的地方沿革展覽成為該館的固定展覽之一。1990年5月~1991年3月，該館從首都博物館引進《李大釗同志生平事跡展覽》。1999年昌平縣博物館改為昌平區博物館。
昌平區博物館是一座新建館，是昌平地區唯一的一座綜合展示昌平歷史、文化及現代經濟建設的綜合館。該館始建于1988年，經過二次遷址后，于2004年12月18日在新館正式對外開放。昌平區博物館主要陳列昌平地區出土的歷代文物，以各類藏品演繹昌平的歷史發展脈絡，介紹昌平各級別的文物古跡；宣傳昌平現代各項建設成就。