南京崇正書院位于清涼山東麓，與掃葉樓遙遙相望。，為清嘉靖年間督學御史耿定向講學所筑。又相傳地藏王肉身在此坐禪。書院于1980年修復。為清嘉靖年間督學御史耿定向講學所筑，又相傳地藏王肉身在此坐禪。
這里原是明代戶部尚書耿天臺（字定向）在南京做督學御史時（約1544年）修建。耿曾在此講學，死后書院被毀，耿的弟弟把書院改為祠堂。后來清代一位叫展西的和尚又把祠堂改成了寺廟。
書院依山勢分為三進，一殿與二殿由兩邊回廊相連接，廊壁墻上開各式花窗，東側廊壁嵌有兩塊石碑。二殿與三殿間是開闊青石平臺，其東側有一組山水小景。三殿是公園的制高點，放眼周圍一片蒼翠，抬頭遠望，方圓百里盡收眼底，進入大廳，四幅大型壁畫躍然醒目，再現金陵春牛首、夏鐘山、秋棲霞、冬石城之四季景色。正書院現為“中華奇石館”，其內陳列神州各地珍奇石頭。