浙江中醫藥博物館于2009年10月30日開館，坐落在浙江中醫藥大學23號樓四、五樓西側，博物館包括浙江中醫藥大學校史陳列館、浙江醫史館和中藥標本館，現已整體搬遷至新館。
浙江中醫藥博物館（新館）于2019年10月14日落成，位于浙江中醫藥大學西南側。
浙江中醫藥博物館（新館）建設項目于2018年4月啟動，2018年12月獲得省發改委正式批復，2019年1月15日正式開工建設。新館占地面積共計近5000平方米，布展面積3200平方米，展覽區域分三層。
一層是學校校史館，二層為醫史館，三層為中藥館。
整個博物館收羅了與中醫藥有關的無數件珍寶，有些是校友捐贈，有些是外省博物館贈送，也有些是學校師生一起上山下河采集回來的標本，集成現在的規模。
博物館最有特色的是中藥標本館，其中有李大鵬院士捐出的一塊有胡柚大小的雌雄同體的黃晶體。這是非常罕見的一塊石頭，一般--和--兩種藥材都是分開的，這一塊雌雄同體，估計價值不菲。動物標本展區內，有一種鼯鼠，它的糞便是著名的中藥材五靈脂。
博物館共收藏名貴藥材1800種，其中罕見的藥材60余種。除了藥材，博物館還收藏了民間古老的中藥方，展示了中藥的制作過程以及浙江中醫藥的發展史。
浙江中醫藥博物館對社會免費開放，是中醫藥教育基地。