萬壽巖遺址位于三明市三元區巖前鎮巖前村西北約500米處，是中國南方典型的洞穴類型舊石器時代遺址。1999年9月至2004年，共進行了三次考古發掘，在船帆洞內發現的4萬年前的人工石鋪地面和排水溝槽等重要遺跡，為國內首次發現、世界罕見。該遺址的發現，把福建有人類活動的歷史上溯了18.5萬年，特別是對閩臺文化淵源研究意義重大。
三明市萬壽巖遺址博物館是福建省唯一一處舊石器時代遺址博物館，占地面積5600平方米，建筑面積2500平方米，2006年11月開館并對外開放。2014年進行改版提升，同年10月重新對外開放。
萬壽巖遺址是中國科學院古脊椎動物與古人類研究所科研科普基地、福建省科普教育基地、省愛國主義教育基地，2017年被國家文物局公布為第三批國家考古遺址公園。