盱眙縣博物館1991年建館，現有藏品3000多種，2002年又投入資金600萬元建設新館，新館為水泥鋼筋混凝土框架結構，現已建成并投入使用，年接待游客約30萬人次。
博物館整棟建筑分為兩大部分，西部為博物館，東部為圖書館，博物館現實際占用面積為1200平方米，樓共有四層，一樓為庫房和會議室，庫房包括了精品庫房、陶瓷器庫房、綜合庫房、處理室、修復室和值班室；二樓為辦公室和展廳；三樓為展廳，四樓辦公室。
博物館二樓為展廳的展覽，以整齊的布展布展并向外開放，展覽將主要會以漢文化為主，館內珍貴藏品為“春秋吳國銅匜”、“西漢鳧形白玉帶鉤”。
現擁有各類藏品2000多件（套），其中國家珍貴文物434件，以漢代玉器、漆器和青銅器最具特點，館藏文物數量和珍貴文物數量在江蘇省縣級博物館中位居前列。2007年到2019年博物館先后舉辦《盱眙出土文物——兩漢文物展》、《盱眙出土歷代銅鏡展》、《盱眙大云山出土文物展》、《偉人周恩來圖片展》、《盱眙館--代錢幣展》、《盱眙館藏古代酒具展》、《盱眙館藏玉器精品展》、《東陽出土文物展》、《盱眙館--銅器展》、《館藏書畫展》、《留住記憶——盱眙老北頭民俗文化展》等專題展覽。2008年1月1日起博物館展廳實行免費對外開放，每年接待觀眾約4萬人次，運行狀況良好。